Основний конфлікт твору — це конфлікт суспільно-політичний, конфлікт батьків і дітей — представників дворянства з різночинцями. Таких людей, які, на думку автора, живуть думками часу, що йде, і уявленнями, що йдуть, про життя, і новими ідеями, напрямами, думками, народженими новим часом. Підтвердженням тому, що соціальний конфлікт є основним в творі, служить і характер обраних автором художніх засобів : портрети героїв, їх одяг, опис пейзажу, мова — усе говорить про відмінність представників цих двох таборів, між якими відбувається головний конфлікт. В основному він розкривається в трьох спорах Базарова з Павлом Петровичем, в спорах, предметом яких є питання, що хвилюють передових людей того часу : відношення до ролі дворянства в суспільстві, до науки, до російського народу, до мистецтва і до природи. Природно, що точки зору героїв визначаються їх протилежними один до одного світоглядами. Павло Петрович вважає, що аристократія — рушійна сила громадського розвитку; його ідеал громадського устрою — "англійська свобода", тобто конституційна монархія. Кирсанов робить упор на лібералізм, тобто на (його основний принцип) збереження ладу при реформах в громадському життєвому устрої. Базарова така позиція не влаштовує. Йому треба змінити соціальний лад, він за революцію, і тому він відкидає лібералізм і заперечує провідну роль дворянства (у російському суспільстві) як нездібного до рішучих дій.
Питання про соціальні зміни і революцію ставиться і в спорі про народ, і в спорі про нігілізм. Кирсанов не може змиритися з усе позицією нігілістів, що заперечує; для нього здається диким, якщо людина позбавлена принципів в житті. "Вас всього чотири з половиною людини", — заявляє він Базарову. І у відповіді Євгенія автор знову натякає на соціальний вибух: "Від копійчаної свічки Москва згоріла", — говорить головний герой. Базарів заперечує усе: релігію, мистецтво, самодержавно-крепостнический лад, — багато в чому через те, що бачить відсталість, брехливість прояву цих понять в справжньому житті, святенництво моралі, ветхість і загнивання взагалі усієї державної системи. Недаремно в 1859 році, коли відбувається дія роману, царський уряд стояв на порозі соціальних потрясінь і переживав кризу.
Треба відмітити, що в образі Павла Петровича Тургенев зумів з'єднати два протилежні напрями: західництво і слов'янофільство. При усій своїй любові до англійського стилю життя Кирсанов в той же час прославляє селянську общину, сім'ю, релігійність і патріархальність російського мужика. Базарів же заявляє, що народ не розуміє власних інтересів, він темний і невежествен, і вважає, що тільки при тривалій "роботі" з народом можна перетворити його з реакційної в революційну силу.
Павло Петрович захоплюється мистецтвом, вважаючи його стимулом для морального розвитку людини. Базарів усе розглядає з точки зору практичної користі, тому "природа не храм, а майстерня", тому і "Рафаель гроша ламаного не коштує".
Після першого знайомства з романом здається, що і композиція твору, і сюжет, і художні деталі — усе спрямовано на розкриття основного — суспільно-політичного — конфлікту "Батьків і дітей". Але це не так.
І. С. Тургеневу, безумовно, треба було показати суперечність поглядів батьків і дітей, їх зіткнення з різних питань, проте і в цих зіткненнях і спорах для нього було важливіше розкрити внутрішній конфлікт як "батьків", так і "дітей". Автор сумнівається в провідній ролі дворянства в суспільстві; образи "дворянського гнізда" Кирсановых, його жителів, досить часто зображаються письменником з легкою іронією — згадаємо хоч би дуель Павла Петровича з Базаровым. Читач може помітити цілий ряд протиріч, що свідчать про якийсь внутрішній розлад в дворянському середовищі : Микола Петрович хоче влаштувати фабрику з найманими робітниками — начебто прогрес, внесок у розвиток капіталістичних стосунків, — але у нього нічого не виходить; усе життя Павла Петровича, розумної, освіченої і талановитої людини, було присвячене "гонитві" за жінкою; Аркадій, який, здавалося б, приймає сторону Базарова, врешті-решт не може розлучитися з "батьківським" поглядом на життя. Усі ці чинники говорять про процес зубожіння і розшарування дворянства, що почався, відміченого Тургеневым ще в романах "Дворянське гніздо" і "Рудин". У описі цього зубожіння російської аристократії, процесу зниження громадської ролі дворянства Тургенев передбачив А. П. Чехова і І. А. Бунина, які у своїх оповіданнях і п'єсах зображували вже повне зубожіння дворянських гнізд і втрату тієї гідності і честь дворянина, яка була властива російській аристократії першої половини XIX століття.
Переживає глибокий внутрішній конфлікт і головний герой роману. Як вже було сказано, автор випробовує на міцність переконання Базарова, перевіряє їх життєздатність. І виявляється, що представлення Євгенія не так вже правильні і вірні в реальному житті, як в його спорах з Павлом Петровичем. Базарів говорить про свою близькість до народу ("Мій дід землю орав.".), а простий мужик не приймає його, називаючи "блазнем гороховим"; він виглядає холодним і байдужим по відношенню до своїх батьків, які душі в нім не сподіваються, а сам намагається усіма силами подавити в собі почуття у відповідь; він заявляє, що природа не храм, а майстерня, і пояснює усі рухи людського серця лише фізіологією, а сам закохується в Одинцову і в задумливості бродить по лісах в її маєтку. Без сумніву, натура Базарова дуже суперечлива, і, хоча автор показує читачеві, що переконання головного героя рушаться при зіткненні з реальним життям, Тургеневу важливо зрозуміти, що зроблять такі, як Базарів, в Росії, чим обернеться і конфлікт батьків і дітей, і внутрішнього конфлікту "нових людей" в масштабі держави. У цьому сенсі важливий ще один конфлікт твору — філософський: "Я потрібний Росії... Ні, видно, не потрібний. Та і хто потрібний"? — запитує Базарів перед смертю. Мотив призначення, сенсу життя постійно є присутнім в творі, а в образі Базарова він виливається в цілий конфлікт між життям і смертю. У розмові з Аркадієм під стогом сена Євгенії висловлюється про сенс свого життя і помічає, що він помре і з нього "лопух рости буде", тобто Базарів знову затверджує свій матеріалістичний погляд на світ: після смерті від нього нічого не залишиться. Проте у кінці роману автор показує, що головний герой багато в чому переосмислює свої переконання, розуміючи, що в той трагічний момент, перед лицем смерті, вони виявляються безглуздими, — недаремно Базарів, що заперечував релігію, погоджується причаститися перед своєю кончиною. Внутрішній конфлікт головного героя вирішується автором не на користь його переконань (хоча Базарів не відкидає їх), але на користь його суті, його сильного характеру. Смерть Базарова не вирішує усіх конфліктів в творі: Тургенев не показує читачеві ясного рішення соціального конфлікту, конфлікту між двома громадськими силами. Авторові складно було визначити своє відношення до головного героя, до його історичної ролі, і тому, зображує цей неоднозначний образ в романі і показавши протиріччя, перед якими встають його герої, він завершує твір м'якими, ліричними фарбами: "...полуденна спека проходить, і настає вечір і ніч, а там і повернення в тихий притулок, де солодко спиться змученим і втомленим". Базарів з'являється в романі з туманної далечіні, куди дивиться Петрушка, слуга Кирсанова, в цій неясній далечіні він зникає після своєї смерті — Тургенев не знав, що робити зі своїм героєм, і лише вказував, що Базаровы — це люди, що стоять напередодні майбутнього; у сьогоденні ж авторові складно було визначити їх місце і їх роль.
Назва роману "Батьки і діти" наштовхує читача на думку про те, що в нім вирішуватиметься одвічне питання — протиріччя між поколіннями. Він дійсно ставиться автором, але насправді Тургенев піднімає куди Глибші соціально-психологічні, моральні і філософські питання. Письменник не знав, коли, як ці питання вирішуватимуться в реальному житті, і дав відповідь лише на деякі з них, але те, що вони були підняті, — величезна заслуга І. С. Тургенева.