У 1859 р. М. Драгоманов вступає на історико-філологічний факультет Київського університету. Ще під час навчання він викладає у недільній школі на Подолі й у Тимчасовій педагогічній школі, і згодом, будучи випускником університету, не пориває з педагогічною діяльністю — працює у Київській гімназії № 2. Просвітництво приводить Драгоманова у 1863 р. до Київської громади. Тут він знайомиться з В. Антоновичем, П. Житецьким, М. Лисенком та іншими діячами, публікує в газеті «Санкт-Петербургские ведомости»низку статей («Земство и местный элемент в народном образовании», «О педагогическом значении малорусского языка»та ін.), де відкрито виступає проти політики русіфікації школи й обстоює навчання рідною, українською мовою.
У 1864 р. М. Драгоманов одружився з актрисою Людмилою Кучинською, яка стала йому вірною дружиною і помічницею.
У своїй першій ґрунтовній праці з історії України «Малороссия в ее словесности»М. Драгоманов показав себе як неординарний історик, з власною концепцією, яка суперечила офіційній. Так, розпочавши розповідь з прадавніх часів, він довів, що сучасний український народ — спадкоємець не лише козаків, а й державницьких традицій Київської Русі, Галицького князівства.
31864 р. Драгоманов стає приват-доцентом, а з 1870-го — доцентом Київського університету. 3 метою вдосконалення кваліфікаціі, він виїжджає на три роки за кордон, де в університетських центрах Гейдельберга, Берліна, Риму, Відня, Флоренції та ін. досліджує місцеві архіви, знайомиться з дійсністю європейських країн, передовою думкою і провідними політичними теоріями, зокрема П.-Ж. Прудона.
У 1873 р. Драгоманов повертається з-за кордону і згодом бере активну участь у громадському житті Наддніпрянської України. Фактично він сам редагує газету «Киевский телеграф», налагоджує стосунки з російськими народниками А. Желябовим, О. Дейчем, Я. Стефановичем, збирає кошти для повстанців проти турецького гніту в Герцеговині. Не полишає Драгоманов і дослідницької роботи: виходить його спільна з В. Антоновичем праця «Исторические песни малорусского народа», яку вони почали писати ще у 1869 р.
М. Драгоманов активно співробітничав з І. Франком, О. Терлецьким, В. Навроцьким та іншими молодими галицькими діячами. Його статті друкувалися в газетах і журналах «Правда», ♦Діло», «Друг», «Громадський друг». У 1873 р. на організаційній нараді з нагоди заснування товариства ім. Т. Шевченка він наполягав на необхідності розгорнути наукову й літературно-дослідницьку діяльність в обох частинах України.
У середині 1870-х років сили реакції розпочали наступ на український рух. У £875 р. Драгоманова було звільнено з університету за політичну неблагонадійність. Наступного року він за дорученням «Громади»виїхав за кордон і заснував у Женеві вільну українську друкарню.
Але найважливішою справою Драгоманова була видавнича й публіцистична діяльність. Протягом 1878-1881 рр. вийшли п'ять номерів журналу «Громада», які привернули увагу всієї Європи. А тим часом стосунки Драгоманова з українським рухом у Росії складалися значно гірше: радикалізація його поглядів, з одного боку, й наступ реакції в Росії — з другого, призвели до припинення фінансування Київською громадою журналу «Громада».
Останній період життя Драгоманова пов'язаний з Болгарією. У1888 р. в Софії було засновано Вищу школу, яка перетворилася на університет, куди Драгоманова запросили професором кафедри загальної історії. Одночасно він редагував науковий «Сборник за народні умотворення, наука і книжнина».
Працю Драгоманова «Чудацькі думки про українську національну справу», написану ним за кілька років до смерті, можна вважати його заповітом науковцям у галузі дослідження української історії. У ній він закликав співвітчизників боротися проти самодержавства, за свободу і децентралізацію суспільно-політичного життя.
Помер М. Драгоманов 2 червня 1895 р. у Софії.
Дружина вченого і син Світозар брали активну участь в українському русі. Його справу продовжила й небога — видатна українська поетеса і політична діячка Леся Українка.
Наукові дослідження цього видатного українського історика, літературознавця, фольклориста, економіста й філософа не лише стали надбанням тогочасного літературознавства, а й дали поштовх подальшому розвитку української суспільно-політичної думки.