Перші твори Івана Вишенського «Писание до всіх обще в Лядской земли живущих», «Извещение краткое о латинских прелестях», написані на Афоні у 80-х та на початку 90-х років, здобули велику популярність. Під кінець XVI ст. Вишенський уже підготовляв до друку збірку своїх творів під назвою «Книжка».
Письменника не раз умовляли повернутись на батьківщину. Але він прибув на Україну тільки в 1604 р. Спершу Вишенський зупинився на кілька місяців в Угорниках, де жив його афонський друг І. Княгиницький, а потім, очевидно, подався до Львова, де його уже давно чекали. Побувши недовго у Львові і не зійшовшись у поглядах з керівниками братства, І. Вишенський переїхав спершу в Уневський монастир, а в кінці 1606 р. знову повернувся на Афон «спасатися в пустынных местах». У цей час він пише «Послание к стариці Домникии», послання до І. Княгиницького (1610 р.), ряд творів: «Зачапка мудраго латынника з глупым русином», «Позорище мысленное», «Послание Львовскому братству»таін.
Про те, як і коли закінчив Вишенський своє життя, немає достовірних відомостей. Помер він на Афоні, очевидно, в 20-х роках XVII ст. В меморіалі православних за 1621 рік «Совътование о благочестии»йдеться про виклик з Афона на Русь «преподобных мужей», в тому числі й Івана Вишенського (при цьому він не повертався на Україну). Та у листі до львівського міщанина Миколи Золоторуцького за 1633 р. якийсь чернець Леонтій згадує про «великого старця Іоанна Вишенського святогорця»уже як про покійного.
Письменницька діяльність Вишенського взагалі тривала понад 25 років. Твори Вишенського за його життя майже не друкувалися, а довгий час поширювалися в рукописах. Із 16 відомих нині творів полеміста лише одне послання «От святое Афонское горы скитствующих»було опубліковано в так званій «Острожской книжице»(1598). Пізніше, готуючи написане до друку, Вишенський оформив свою «Книжку», куди умістив десять творів із трьома передмовами. Але ця книга в свій час теж не була надрукована, як і пізніші його твори (всі вони вперше побачили світ у другій половині XIX ст.).
Публікацію творів Вишенського здійснювали історики, літературознавці, письменники, зокрема М. Костомаров, С. Голубев, І Франко, Г. Житецький та ін. Вони ж написали і ряд окремих досліджень про творчість письменника. Найціннішими серед них є праці І. Франка, зокрема монографія «Іван Вишенський і його твори»(Львів, 1895), в якій дано докладну характеристику літературної спадщини видатного письменника-полеміста. Окремим виданням твори Вишенського в силу різних обставин довгий час не виходили.
Тільки в 1955 р. у Москві була видана книга «Иван Вишенский. Сочинения»(Изд-во АН СССР, серия «Литературные памятники»), а в 1959 р. ця книга з'явилася і в Україні. Вихід у світ обох видань з докладним коментарем, примітками, різночитаннями та великою статтею І. П. Єрьоміна є значним досягненням літературознавства.
Основні твори: «Виявлення диявола-світодержця», «Благочестивому князю Василю»(Послання до князя Василя Острозького), «Порада», «Послання до всіх взагалі, хто в Лядській землі мешкає», «Послання до єпископів».