Головна проблема, поставлена письменником в романі, вже звучить в назві, яка має подвійний сенс. З одного боку, це проблема поколінь, з іншої — конфлікт двох соціально-політичних сил, що діяли в Росії в 60-і роки XiX століття : лібералів і демократів. Євгеній Базаров і Аркадій Кирсанов через вік повинні б належати до одного табору, але це не так.
Базарів — нова людина, представник тих молодих діячів, які "битися хочуть", нігілістів. Він — за нове життя і до кінця залишається вірний своїм переконанням. Він є основним і єдиним виразником демократичної ідеології. А ось Аркадій по своїх поглядах на життя безумовно відноситься до "батьків", хоча щиро захоплюється незвичайними поглядами свого "учителя", прагне наслідувати його і видає себе за такого ж нігіліста. Втім, часто забуваючи про свій "нігілізм", про свою нову роль, Аркадій видає ідейну спорідненість із старшим поколінням. Не випадково він раз у раз захищає їх, намагаючись переконати Базарова, що Павло Петрович — хороший, а Микола Петрович — "золота" людина.
Тургенев при характеристиці героїв найчастіше використовує діалог і портрет. Діалог — найбільш відповідна форма для передачі суті політичних і філософських суперечок, що відбуваються в романі. У незвичайно гострому діалозі розкривається і основний конфлікт Базарова з Аркадієм Кирсановым. "Ваш брат дворянин далі за благородне упокорювання або благородне кипіння дійти не може, а це дурниці. Ви, наприклад, не б'єтеся — і вже уявляєте себе молодцями, — а ми битися хочемо". З Аркадієм він розходиться в головному — в уявленнях про життя, про призначення людини. Їх взаємини не можна назвати дружбою, тому що дружба неможлива без взаєморозуміння, дружба не може бути заснована на підпорядкуванні одного іншому. Упродовж усього роману спостерігається підпорядкування слабкої натури сильнішої : Аркадія — Базарову. З часом Аркадій придбаває свою думку, перестає повторювати сліпо судження і думки нігіліста і виражає свої думки.
Різниця між героями видно в їх поведінці в маєтку Кирсановых. Базарів займається роботою, вивченням природи, а Аркадій байдикує. Базарів — ворог абстрактної науки, відірваної від життя. Він за науку, яка була б зрозуміла народу. Базарів — трудівник науки, він невтомний у своїх експериментах, цілком поглинений улюбленою професією. Аркадій — зовсім інший, ми відчуваємо, що ця людина якась в'яла, слабка, обмежена. В образі Аркадія розкривається неспроможність лібералів. Аркадій нічим не займається, з серйозних справ його по-справжньому жодне не захоплює. Для нього головне — затишок і спокій.
Тургенев поступово розкриває нам різницю у світоглядах приятелів — в поглядах на засадничі життєві цінності: любов, поезію, природу. Очевидний опір Аркадія поглядам Базарова : поступово "учень" виходить з-під влади "учителя". Суть відмінностей між ними, по-моєму, — у відношенні до людей. Базарів (по його власному визнанню) ненавидить багатьох, а у Аркадія немає ворогів. Один — занадто різання, безапеляційний, другий — занадто м'який, "безхребетний". "Ти ніжна душа, розмазня", — говорить Базарів, розуміючи, що Аркадій вже не може бути його сподвижником. "Учень" не може жити без принципів. Цим він дуже близький до свого ліберального батька і Павла Петровича. Аркадій — людина, що належить старому поколінню, поколінню "батьків".
Я далекий від того, щоб виносити моральні оцінки "батькам" і "дітям" : надто багато в кожному поколінні хорошого і поганого, багато суперечливого. Суть мого твору в іншому: являючись представите лями одного покоління, Євгеній Базаров і Аркадій Кирсанов у результаті не можуть порозумітися. Переломний момент епохи проходить складно, ділить людей на "батьків" і "дітей" незалежно від віку.
