Роман розпочинається з того, що в маєток Кирсановых разом з сином Миколи Петровича, Аркадієм, приїжджає його друг, Євгеній Базаров. Його незвичайна зовнішність (балахон, бакенбарди), розв'язна манера триматися насторожують мешканців маєтку. А коли Аркадій заявляє, що його друг — нігіліст, прихована неприязнь Павла Петровича Кирсанова переходить у відкрите протистояння. Так зав'язується конфлікт в романі.
З легкої руки демократичної критики, зокрема Писарева, прийнято вважати, що основна розстановка сил роману відбита саме в протистоянні Базарова і Павла Петровича, оскільки саме вони ведуть полеміку на різні теми. Проте, як неважко помітити, старший Кирсанов виявляється неспроможним опонентом головному героєві. Усі слова Павла Петровича — лише "слова", вони не підкріплені ніякою дією, так що докір відносно неробства, кинутий Базаровым Павлу Петровичу, безумовно, справедливий. Переконань, як справедливо відмічає Писарев, у Павла Петровича немає, в якості переконань він намагається "протягнути" принципи, причому принципи, поняті на свій лад. Усе "принсипы" Кирсанова зводяться до дотримання зовнішньої пристойності, до зусиль, спрямованих на те, щоб вважатися джентльменом. Форма без змісту — ось суть Павла Петровича.
Проте, як відомо, протилежності сходяться. Незважаючи на зовнішнє протистояння, Базарів і Павло Петрович дуже схожі. Кирсанов, по суті, такий же доктринер, як і Базарів. Павла Петровича в усьому цікавить лише зовнішня сторона речей — він говорить про Шиллере, про Гете, хоча навряд чи спромігся їх прочитати, його судження самовпевнені і поверхневі. Але те ж саме можна сказати про Базарове! Та ж пристрасть до зовнішніх ефектів, та ж "неорганічність" зі світом, що оточує його.
Усім змістом роману Тургенев показує, що на запереченні не можна побудувати абсолютно нічого, у тому числі і філософії. Саме життя неминуче спростує її, тому що суть життя полягає в твердженні, а не в запереченні.
Справжній опонент вождеві нігілістів — Микола Петрович Кирсанов, хоча він не вступає в словесні баталії з Базаровым. Усе його світовідчуття, позбавлена зовнішньої химерності поведінка, але в той же час душевна широта, протистоять всеотрицанию нігілістів. Микола Петрович міг би посперечатися з Базаровым, але він прекрасно розуміє, що його аргументи не будуть переконливі ні для Базарова, ні для брата.
Показуючи первинну порочність базаровских ідей, Тургенев вводить в тканину оповідання ще двох персонажів — Ситнікова і Кукшину. Не випадково після смерті Базарова у нього не залишається більше ніяких послідовників. На безплідному грунті нігілізму зростають тільки такі пародії на людей, як Кукшина і Ситніков.
Проте Базарів — не Кукшина і не Ситніков. Він сильна особа. Його особа здатна до саморозвитку, і саме цим він цікавий Тургеневу. Увесь шлях Базарова, описаний в романі, — це спростування його ідей. Базарів заперечує мистецтво, поезію, оскільки не бачить в них ніякого путтю. Саме Базарів висміює гру Миколи Петровича на віолончелі, засуджує Аркадія за захоплення красотами природи. Він не в змозі зрозуміти усього цього.
Проте для нього ще не усе втрачено, і це проявляється в його любові до Одинцовой. Базарів виявляється людиною, а не бездушною машиною, яка здатна лише ставити досліди і різати жаб. Переконання Базарова вступають в трагічне протиріччя з його людською суттю. Відмовитися від своїх переконань він не може, але не може і задушити в собі людину. Для Базарова немає виходу з положення, що створилося, і саме тому він помирає.
Смерть Базарова — це смерть його ідей. Перед лицем неминучої загибелі Базарів відмітає усе другорядне, щоб залишити найголовніше. І цим головним виявляється те людське, що в нім є, — любов до Одинцовой. Відмітно, що і опонента-двійника, Павла Петровича, Тургенев проводить тим же шляхом: поставивши на грань життя і смерті, примушує відкинути усі догми, "принсипы" і залишити людське, істинне — любов до брата, Фенечке, прагнення щось зробити для інших.
Тургенев на кожному кроці спростовує судження і Базарова, і Павла Петровича. Так, Базарів заявляє, що "природа не храм, а майстерня", і тут же слідує прекрасний пейзаж. Картини природи, якими насичений роман, приховано переконують читача в абсолютно зворотному. Виявляється, що Пушкін і гра на віолончелі в абсолютному вимірі набагато важливіше усієї корисної діяльності Базарова і аристократичних принципів Павла Петровича.
У останній сцені — описі сільського кладовища і батьків, що приходять на могилу сина, — вічна природа, на спокій якої зазіхав Базарів, дає нігілістові останнє заспокоєння. Усе другорядне, що придумала людина, залишається осторонь. Тільки природа, яку Базарів хотів перетворити на майстерню, та батьки, що подарували йому життя, оточують його.
Отже, внутрішньою еволюцією головного героя Тургенев показує неспроможність і первинну порочність ідей нігілізму, доводить, що на безплідному грунті заперечення не може вирости нічого позитивного. І, приводячи свого героя до загальнолюдських цінностей, стверджує верховенство гуманістичних ідей в житті будь-якої людини.
