У творі широко змальований кризовий стан суспільства, охопленого лихоманкою перетворень. Герої усіх станів, кожен на свій лад, намагаються показати себе "передовими", такими, що відреклися від старого. Це і Аркадій Кирсанов, і Ситніков, і таємний радник "з молодих" Колязин, і губернатор, що ревізується їм, і навіть лакей Петро.
Автор показує зіткнення "батьків" і "дітей", зачіпаючи тим самим животрепетну для 60-х років проблему. Цей конфлікт носить ідейний характер, відбиває філософію лібералів і демократів. Спори Павла Петровича Кирсанова, представника табору дворянства, і Євгенія Базарова, революціонера-демократа, порушують актуальні питання того часу.
Проблема ідейного протистояння між цими двома таборами заявлена вже в самій назві роману. Вже з перших сторінок ми бачимо, наскільки різні герої, показані в нім, і наскільки різні їх погляди. Навіть у самому описі героїв читач виявляє протиставлення. Коли автор представляє Базарова, нам бачиться похмура, відгороджена від світу людей фігура, в ній відчувається сила. Особливо Тургенев звертає увагу на розум головного героя. Опис же Павла Петровича, життя і справи якого втратили всякий практичний сенс, складається майже з одних прикметників. Він носить англійський костюм і лакові півчобітки в селі, піклується про красу нігтів. Усе його минуле — гонитва за міражем, тоді як Базарів намагається займатися конкретними справами.
Молоде покоління пропонувало усе старе зруйнувати як віджиле, у тому числі історичні і культурні цінності, традиції. На їх думку, природні науки не лише суть біологічного життя, але і інтереси народу, які необхідно розглядати з точки зору "корисності" Суть однієї з суперечок Павла Петровича з Базаровым полягала у відстоюванні кожним з них своїх позицій.
Павло Петрович вважав народ патріархальним, Базарів з ним погоджувався. Проте молода людина вважала, що ці патріархальні забобони народу треба виправляти, що освічені люди не повинні вірити в те, в чому полягає глибинна віра народу. Це не принесе користі зараз.
Запереченню Базарова піддається в романі і краса природи, цінність мистецтва, його привабливість. Розмовляючи з Павлом Петровичем, він відзивається про природу: "Природа не храм, а майстерня, і людина в ній працівник ". Проте герой визнає нікчемність людини в порівнянні з природою. Цитуючи Паскаля Аркадію, він говорить, що людина займає занадто маленьке місце у світі. Час дії в романі приурочений до активного захоплення автора філософією Паскаля, твори якого так добре знав Тургенев. Героя опановує "нудьга" і "злість", оскільки він усвідомлює, що закони природи навіть сильна особа здолати не в силах. Паскаль, французький математик, філософ і публіцист, затверджуючи це, підкреслював і силу людини, яка не бажає миритися сзаконами природи шляхом свого протесту. Песимізм Базарова не примушує його опустити руки, він хоче боротися до кінця, "возитися з людьми". В даному випадку автор полиостью на стороні героя, виражає йому співчуття.
Тургенев проводить Базарова по кругах життєвих випробувань. Герой переживає сильну любовну пристрасть, силу якої він раніше відкидав. Впоратися з цим почуттям він не може, хоча усіма силами намагається заглушити її в душі. У зв'язку з цим у героя виникає туга самотності і навіть своєрідна "світова скорбота". Автор виявляє залежність Базарова від звичайних законів людського життя, його причетність до природних людських інтересів і цінностей, турбот і страждань. Первинна самовпевненість Базарова поступово зникає, життя стає усе більш складним і суперечливим. Поступово з'ясовується міра об'єктивної правоти і неправоти героя. "Повне і нещадне заперечення" виявляється частково виправданим як єдина, по думці письменника, серйозна спроба дійсно змінити світ, покінчивши з протиріччями, які не можуть дозволити ні зусилля громадських партій, ні вплив вікових ідеалів гуманізму. Проте для Тургенева безперечне те, що логіка "нігілізму" неминуче веде до свободи без зобов'язань, до дії без любові, до пошуків без віри.
Конфлікт "батьків" і "дітей" розгортається упродовж усього роману, але так і не має розв'язки. Письменник як би надає його дозвіл майбутньому. У тому, як помирає Базарів, позначаються загальнолюдські переконання письменника. Герой помирає мужньо, з гідністю. Нігілізм, по думці Тургенева, кидає виклик нескороминущим цінностям духу і природним основам життя. У цьому убачається трагічна провина героя, причина його смерті.
Герой розуміє, що з його смертю мало що зміниться. Він говорить Одинцовой: "Живіть довго, це краще всього". У епілогу Тургенев міркує про вічну природу, про нескінченне життя, яке не в силах зупинити ні політичні, ні інші ідеї. Зв'язок між сьогоденням і майбутнім можливий лише на основі любові.
Таким чином, поставивши перед собою мету показати в романі зіткнення "батьків" і "дітей", Тургенев виражає своє відношення до різних питань життя, замислюється над вічними філософськими проблемами. Низка важливих запитань, піднятих в романі, об'єднує проблема "батьків" і "дітей", яка сама є лише частиною тієї нескінченної природної боротьби старого з новим. За ким буде перемога, вирішить майбутнє.
