Впродовж роману особа Базарова викликає все більшу і більшу повагу, видно, що сам автор преклоняється перед силою духу молодого нігіліста. Проте в спорі з життям Базарів вимушений був відступити, реальність виявилася не в змозі прийняти таку бурхливу, діяльну натуру. Це і стало причиною тієї трагедії, яка розігралася в долі Базарова.
Життя не відразу показує нігілістові усі недоліки його ідеології; читач поступово приходить до думки про те, що ідеї Базарова не можуть реалізуватися в сучасних умовах. Зіткнення поглядів Базарова з реальністю починаються в Марьине, маєтку Кирсановых, під час суперечок з Павлом Петровичем. Здавалося б, явно показано, що століття аристократів давно пройшло, що "принсипы" Павла Петровича не дозволяють суспільству вільно розвиватися, але в той же час ми бачимо окремі слабкі сторони в позиціях нігілізму. Наприклад, стає очевидною недосконалість теорії : нігілісти тільки "розчищають місце", але натомість не пропонують нічого, сподіваючись на російське "може".
Наступне випробування виявилося для Базарова серйознішим. Аркадій і Євгеній на балу в губернському місті знайомляться з місцевою знаменитістю, Ганною Сергіївною Одинцовой.
Ганна Сергіївна — вдова в розквіті літ, що отримала усе багатство багатого чоловіка, за якого свого часу вийшла за розрахунком. Вона спокійно жила у своєму маєтку, зрідка виїжджаючи на бали в губернське місто, кожного разу вражаючи своєю надзвичайною красою і тонким розумом. Базарів помічає привабливість Одинцовой, але вважає, що вона цілком звичайна жінка, серед яких "вільно мислять тільки виродки". Почавши розмову з Ганною Сергіївною, Базарів поступово переконується в цьому і з радістю приймає запрошення погостювати в Микільському, маєтку Одинцовой. Там бесіди Базарова з Ганною Сергіївною тривають, і нігіліст із здивуванням помічає за собою нові, не знайомі йому раніше відчуття. Він усвідомлює, що ці почуття — "романтизм", "нісенітниця", як він сам їх називає, але не може нічого з собою поробити. Базарів-чоловік вступає в протиборство з Базаровым-нігілістом. На якусь мить людина перемагає, і Базарів пояснюється Одинцовой в любові, але після розум нігіліста бере усе під свій контроль, і Євгеній вибачається за свій порив і незабаром від'їжджає в село до батьків. Знову Базаров-нигилист не зазнав поразки, у результаті він зумів упоратися зі своєю душею і подавив усі її зовнішні прояви. Але існування цієї самої душі змусило нігіліста дещо змінити свою позицію: раніше він вважав, що людина вирішує, що йому робити, залежно від того, що вигідніше в цю хвилину, зараз же Базарів став стверджувати, що людиною рухають відчуття. Свідомість того, що навіть нігілістові не чужий "романтизм", завдало потужного удару по база-ровской натурі.
Безумовно, "випробування любов'ю" — найважче випробування з тих, що довелося перенести Базарову, проте на цьому ипытание поглядів нігіліста не закінчилося. З Микільського Євгеній їде в село до своїх батьків, де його знову осягає удар долі. За роки, прожиті поза рідними стінами, між Євгенієм і його батьками з'явилися відмінності, причому настільки істотні, що ці люди не могли вільно спілкуватися між собою: вони просто не розуміли один одного.
Базарів від'їжджає зі свого села в Марьино, де остаточно усвідомлює приреченість своїх ідей. Після дуелі з Павлом Петровичем Базаров зрозумів: якщо для того, щоб змусити одного повітового аристократа змінити своїм "принсипам", потрібно стільки сил і часу, скільки сил знадобиться, щоб зломити опір усього дворянства. Базарів зрозумів, що самостійно він нічого не означає, і вирішив тихо жити з батьками і займатися улюбленою справою — природними науками.
Він не відмовився від своїх ідей, він просто зрозумів, що їх час ще не прийшов, і був вимушений відмовитися від боротьби. Проте яскраве, "бунтуюче" серце Базарова не могло жити тихим, спокійним життям, тому, якби не сталася та випадковість, із-за якої він помер, то "її слід було б придумати". Нігіліст Базарів не був зломлений життям, але проте покинув "поле битви" назавжди, хоча і проти своєї волі.
Саме у тому, що Базарів, що не здав жодної позиції "у бою", йшов кожного разу з високо піднятою головою, вимушений був визнати свою слабкість перед буттям, полягає головна трагедія його життя. Напевно, це ж мав на увазі Тургенев, коли писав Случевскому, що Базарів — "особа трагічна".